Как и в любом другом случае реализации товаров (работ, услуг) через агента, важно, от чьего имени действует агент.
Если билеты реализуются агентством от своего имени, ККТ в обязательном порядке применяется агентством. Если же продажа билетов совершается агентом с третьим лицом от имени и за счет принципала, права и обязанности возникают непосредственно у принципала. В таком случае ККТ применяется принципалом (т.е. авиаперевозчиком).
Письмо ФНС России от 09.08.2018 N АС-4-20/15481@