В НК РФ прописаны случаи, когда может проводиться повторная выездная налоговая проверка, в частности, ее может проводить вышестоящий налоговый орган в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку (пп.1 п.10 ст.89 НК РФ). ВС РФ пришел к выводу, что данная норма не нарушается, даже если первоначальную проверку преимущественно проводил сам вышестоящий налоговый орган.
Дело было вот как. Налоговая инспекция провела в организации выездную проверку по всем налогам за 2021 год. Был составлен акт, вынесено решение о доначислениях, организация доплатила недоимку. Но потом Управление ФНС приняло решение о проведении повторной проверки за тот же период и появились еще доначисления. Организация оспорила вторую проверку, поскольку первую преимущественно проводило само Управление ФНС:
· мероприятия по получению документов, информации, сведений и доказательств инициированы или проведены Управлением ФНС или по его поручению
· первичная проверка преимущественно (более 50%) проведена должностными лицами Управления ФНС
· контроль и координация за проведением проверки тоже осуществлялись непосредственно Управлением
· сама Инспекция осуществляла лишь технические функции
Суды всех трех инстанций пришли к выводу, что повторная проверка в таких условиях является незаконной. Но ВС РФ с таким подходом не согласился и указал, что подобная организация первичной выездной проверки сама по себе не препятствует последующему проведению повторной проверки и не нарушает права налогоплательщика. Критерии, установленные ст.89 НК РФ для повторной проверки, по мнению ВС РФ, были соблюдены.
Определение ВС РФ от 18.03.2026 N 309-ЭС25-9697