Если российская организация приобретает у иностранной компании неисключительные права на программное обеспечение, местом реализации которых признается РФ, то российская организация является налоговым агентом по НДС и налогу на прибыль. То, что оплата производится через подотчетное лицо, значения не имеет. Все равно нужно в общем порядке исчислить и уплатить в бюджет НДС и налог на прибыль в качестве налогового агента.
Напомним, что если налоговый агент не удержит или не перечислит налог в бюджет, с него могут взыскать штраф в размере 20% от суммы налога (ст.123 НК РФ). В договоре с иностранным контрагентом лучше зафиксировать, какие налоги будет удерживать российская организация, чтобы избежать разногласий по сумме платежей (так называемая "налоговая оговорка"). Подробнее рекомендуем Готовое решение: Налоговая оговорка в договоре.
Письмо Минфина России от 01.07.2024 N 03-08-05/61104