Если компания возместила НДС в заявительном порядке, а потом налоговики отменили это решение, нужно вернуть излишне возмещенный НДС. На указанную сумму начисляются проценты начиная с 3-го дня после принятия решения о возмещении налога до дня принятия решения налогового органа об отмене. Со дня, следующего за днем принятия решения об отмене, начисляются пени.
То есть начисление процентов, а потом пеней обеспечивает непрерывность компенсации потерь бюджета: до дня принятия решения об отмене – процентами, со дня, следующим за днем принятия решения об отмене, - пенями. При этом день прекращения начисления процентов совпадает с днем совершения налоговым органом действия (применительно к п.1 ст.6.1 НК РФ) в виде принятия им решения, отменяющего ранее вынесенное решение о возмещении.
ФНС указала, что были случаи неверно начисления процентов (задвоение сумм, неверное определение количества дней начисления процентов, отсутствие корректировки после решений вышестоящего налогового органа и т.п.). Причины были устранены, но следует иметь в виду, что проценты начисляются автоматически и после этого нет технической возможности их скорректировать. Поэтому если есть некорректное начисление процентов, налоговики должны обращаться в службу техподдержки.
Письмо ФНС России от 27.08.2024 N ЕА-4-15/9785@