Подрядчик на УСН оформил первичные документы по формам КС-2 и КС-3 с выделенной суммой НДС, но не выставил счет-фактуру. Такая ситуация в НК РФ прямо не прописана.
По общему правилу организации, применяющие УСН, не признаются плательщиками НДС. Но в случае выставления лицами, применяющими УСН, счета-фактуры с выделением суммы НДС вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет. На это указано в п.5 ст.173 НК РФ.
ФНС пояснила, что обязанность по уплате НДС в бюджет возлагается на подрядчика, применяющего УСН, только в случае выставления таким лицом счета-фактуры с НДС. Если же подрядчик выставляет в адрес заказчика только первичные учетные документы (КС-2 и КС-3) с выделенной в них суммой НДС без выставления счета-фактуры, то обязанности по уплате НДС в бюджет у него не возникает.
С нашей стороны рекомендуем в подобных ситуациях вносить необходимые поправки в первичные документы с тем, чтобы у налоговых органов не возникало лишних вопросов (по аналогии см. Письмо УФНС РФ по г. Москве от 07.10.2008 N 19-11/93941).
Письмо ФНС России от 26.05.2023 N СД-4-3/6648