Признание судом наличия смягчающих обстоятельств не освобождает налогоплательщика от перечисления в бюджет как самого налога, так и пеней. На это указал Арбитражный суд Московского округа.
Пени обеспечивают компенсацию потерь бюджета, возникающих в связи с несвоевременным исполнением предусмотренных НК РФ обязанностей по уплате налога. Они не являются видом налоговой ответственности. Пени начисляются независимо от применения других мер обеспечения исполнения обязанности по уплате налога, а также мер ответственности за нарушение законодательства о налогах и сборах. При этом законодательством прямо не предусмотрена возможность снижения размера пеней в связи с наличием смягчающих обстоятельств.
Штрафы же при наличии смягчающих обстоятельств могут быть уменьшены не менее чем вдвое. Перечень смягчающих обстоятельств открытый, подробнее о том, что к ним относится рассказано в Готовом решении Какие обстоятельства смягчают и отягчают налоговую ответственность.