Если товары (работ, услуги) приобретены за счет субсидий и (или) бюджетных инвестиций, то принятие к вычету НДС за счет указанных средств приводит к повторному субсидированию налогоплательщиков из федерального бюджета. Это в конечном итоге увеличивает расходы федерального бюджета. Поэтому в НК РФ закреплены нормы о том, что НДС по товарам (работам, услугам), приобретенным полностью за счет субсидий и (или) бюджетных инвестиций, предоставленных бюджетами бюджетной системы РФ на безвозмездной и безвозвратной основе, к вычету не принимается (подлежит восстановлению).
Однако если организация за счет федерального бюджета получает бюджетные инвестиции для реализации инвестиционных проектов, а затем перечисляет эти средства в качестве заемного финансирования юрлиц, непосредственно реализующих инвестиционные проекты, то положения о запрете на вычет (восстановлении) НДС в отношении самих юрлиц, реализующих проекты, не применяются. Но если в дальнейшем указанные заемные средства по допсоглашению конвертируются, например, во вклад в уставный капитал юрлица, то ранее принятый к вычету НДС придется восстановить.
Информация ФНС России от 10.12.2021