В настоящее время самозанятые при проведении расчетов выдают чеки с помощью приложения "Мой налог". Чек можно передать в электронном виде или на бумаге. При этом формирование счетов на оплату в данном приложении не предусмотрено.
Однако ФНС уже озадачилась этим вопросом и начала разрабатывать для мобильного приложения "Мой налог" функционал по выставлению счетов на оплату товаров (работ, услуг). Так что в ближайшем будущем через приложение можно будет выставлять и счета. Добавим, что сейчас, при необходимости, такие счета можно выставить самостоятельно в произвольной форме.
Письмо ФНС России от 22.12.2020 N ЗГ-3-20/8487@