Организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Налог, подлежащий уплате по месту нахождения подразделения, определяется исходя из дохода, начисленного и выплаченного работникам этого подразделения.
Таким образом, необходимо выяснить, кто является источником выплаты дохода (головная организация, представительство, филиал, обособленное подразделение) и место постановки на учет его в качестве плательщика налогов, сборов и страховых взносов.
Если работник согласно штатному расписанию дистанционно выполняет свои трудовые обязанности, например, в региональном филиале (представительстве), то именно филиал будет источником дохода, и НДФЛ уплачивается по месту нахождения этого филиала.
При этом ФНС напомнила, что дистанционная работа сама по себе не создает обособленных подразделений организаций (Письма Минфина России от 29.05.2019 N 03-15-06/38981, от 19.01.2018 N 03-02-07/1/3617, от 01.12.2014 N 03-04-06/61300).
Письмо ФНС России от 14.10.2020 N СД-4-3/16830@