По общему правилу, выплаты физлицам, не состоящим в штате организации, за выполнение ими работ по договорам гражданско-правового характера учитываются в составе расходов на оплату труда (по п. 21 ст. 255 НК РФ). Исключение - выплаты по договорам ГПХ, заключенным с ИП. Они признаются в прочих расходах, связанных с производством и реализацией, по пп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ.
По мнению Минфина, выплаты самозанятым по договорам ГПХ (и в частности – договорам подряда) также нужно учитывать в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией.
Чтобы признать расходы в налоговом учете, плательщик НПД должен передать вам чек из приложения «Мой налог» (п. 8 ст. 15 Федерального закона от 27.11.2018 № 422-ФЗ). Акт выполненных работ не обязателен.
Письмо Минфина России от 22.07.2020 N 03-03-06/1/63730