Доход, с которого самозанятый исчисляет НПД, не облагается НДФЛ. Соответственно, организация не должна выполнять обязанности налогового агента при выплате вознаграждений самозанятым в рамках деятельности, облагаемой НПД. Выплаты указанным лицам также не образуют объекта обложения страховыми взносами.
Статус выплат самозанятому подтверждается специальным чеком, который формируется через приложение "Мой налог". Поэтому для обоснования того, что организация не удерживает НДФЛ и не исчисляет страховые взносы, следует сохранить этот чек.
Добавим также, что НПД не облагаются доходы, которые компания выплачивает самозанятому, если он является ее работником или был ее работником менее двух лет назад.
Письмо Минфина России от 17.02.2020 № 24-03-08/10748