Речь идет об ответственности, предусмотренной ст.120 НК РФ за грубое нарушение правил учета доходов и (или) расходов и (или) объектов налогообложения. Размер штрафа зависит от того, совершено ли налоговое правонарушение в одном или более налоговых периодах, а также от того, повлекло ли соответствующее правонарушение занижение налоговой базы. В частности, если правонарушение совершено в течение одного налогового периода (при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренных п.п. 2 и 3 ст.120 НК РФ), применяется штраф в размере 10 000 руб.
Отсутствие счетов-фактур подпадает под грубое нарушение правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения. Однако Минфин указывает, что при применении штрафа количество отсутствующих счетов-фактур значения не имеет.
Добавим: при наличии смягчающих обстоятельствах сумму штрафа можно уменьшить. Причем перечень таких обстоятельств не является закрытым. В частности, если отсутствует всего несколько счетов-фактур и нет других замечаний, полагаем, сумму штрафа можно попытаться уменьшить. Подробнее о том, какие обстоятельства суды считают смягчающими, можно почитать в Обзоре КонсультантПлюс.
Письмо Минфина России от 14.10.2019 N 03-02-07/1/79228