Взаимоотношения с контрагентами при реорганизации организации

Вопрос:
Организация в декабре  2014 году из ЗАО преобразовалась в ООО  в связи с 99-ФЗ (прошла реорганизацию преобразования формы собственности с ЗАО на ООО) в результате получила новый ИНН и новый ОГРН, но новое ООО  является полным правопреемником ЗАО по всем обязательствам. Как  правильно в этом случае поступать с контрагентами  - перезаключать  договора со всеми к поставщиками, покупателями, или писать Дополнительные соглашения  о изменениях к договору? Как продолжать пользоваться бухгалтерскими программами, 1С Бухгалтерия, 1С ЗУП и пр ПО? С одной стороны - это та же организация, ген директор, контрагенты, - какой тогда  порядок перехода в1С этом случае с ЗАО на ООО?

Ответ:
Юридическое лицо считается реорганизованным, за исключением случаев реорганизации в форме присоединения, с момента государственной регистрации юридических лиц, создаваемых в результате реорганизации (п.4 ст.57 ГК РФ).
В соответствии с п.5 ст.58 ГК РФ при преобразовании юридического лица одной организационно-правовой формы в юридическое лицо другой организационно-правовой формы права и обязанности реорганизованного юридического лица в отношении других лиц не изменяются, за исключением прав и обязанностей в отношении учредителей (участников), изменение которых вызвано реорганизацией.
Таким образом, ООО является полным правопреемником ЗАО по договорам, заключенным с третьими лицами. Это также распространяется на лицензионные договора, заключенные с правообладателями прав на программное обеспечение. При этом законодательство не требует обязательного уведомления ваших контрагентов о произошедшей реорганизации.
Однако несвоевременное уведомление поставщиков, подрядчиков и лицензиаров и оформление ими первичных документов на прежнее юрлицо (ЗАО)  может иметь негативные налоговые последствия в части НДС и налогообложения прибыли.
Так условия применения вычетов «входящего» НДС установлены положениями ст.  171 и 172 НК РФ.
При этом отдельной статьей 162.1 НК РФ установлены особенности для случаев реорганизации юридических лиц.
Так в соответствии с п.5, 7 ст.162.1 НК РФ суммы НДС, предъявленные реорганизованной организации при приобретении товаров (работ, услуг), но не предъявленные ею к вычету, подлежат вычету правопреемником этой организации в порядке, предусмотренном главой 21 НК РФ. Вычеты НДС производятся правопреемником на основании счетов-фактур (копий счетов-фактур), выставленных реорганизованной организации. При этом положения, предусмотренные подпунктами 2 и 3 пункта 5 статьи 169 НК РФ для принятия сумм налога к вычету правопреемником  считаются выполненными при наличии в счете-фактуре реквизитов реорганизованной организации.
Кроме того правопреемник имеет право на вычет НДС уплаченного реорганизованной компанией с полученных от покупателей авансов (п.3, 4 ст.162.1 НК РФ
Однако эти нормы применимы лишь к документам, оформленным на реорганизованную компанию до момента ее исключения из ЕГРЮЛ -  поскольку после завершения реорганизации ЗАО перестает существовать, то  вычет по счетам-фактурам, оформленным на ликвидированное юрлицо весьма проблематичен.
То же самое относится и к первичным документам, оформленным после завершения реорганизации -  расходы, подтвержденные такими документами с большой долей вероятности будут исключены налоговыми органами (Постановление Президиума ВАС РФ от 09.03.2010 N 15574/09 по делу N А79-6542/2008).
Поскольку ООО является правопреемником ЗАО, то при выставлении первичных документов и счетов-фактур после реорганизации в качестве покупателя (заказчика) следует указывать ООО.
Для этого следует своевременно уведомить ваших контрагентов о реорганизации  и реквизитах компании-правопреемника.
Кроме того для уменьшения путаницы с реквизитами желательно внести изменения в заключенные ранее и действующие после реорганизации договора, заключив дополнительные соглашения к ним.
Вы также вправе перезаключить договора -  если этот вариант для вас или ваших контрагентов является более приемлемым. До момента перезаключения будут действовать договора, заключенные ЗАО.

Что касается бухгалтерского учета, то в соответствии с п.9, 42 "Методических указаний по формированию бухгалтерской отчетности при осуществлении реорганизации организаций" (утв. Приказом Минфина РФ от 20.05.2003 N 44н, ред. от 25.10.2010) на день, предшествующий дате внесения в ЕГРЮЛ записи о возникшей организации реорганизуемой организацией, прекращающей свою деятельность, составляется заключительная бухгалтерская отчетность.
Заключительная бухгалтерская отчетность составляется в объеме форм годовой бухгалтерской отчетности, принятых ранее организацией, за период с начала отчетного года до внесения в ЕГРЮЛ соответствующей записи о вновь возникшей организации.
При составлении заключительной бухгалтерской отчетности реорганизуемой организацией производится закрытие счета учета прибылей и убытков и распределение (направление) на основании решения учредителей суммы чистой прибыли с учетом особенностей, предусмотренных Методическими указаниями.
Информация о реорганизации может быть раскрыта в пояснениях к бухгалтерской отчетности (п.47 Методических указаний).
Вновь созданная в результате преобразования организация формирует вступительную бухгалтерскую отчетность на дату своей государственной регистрации. Вступительная бухгалтерская отчетность составляется путем переноса показателей заключительной бухгалтерской отчетности организации, реорганизуемой в форме преобразования, с учетом особенностей, предусмотренных в пункте 44 Методических указаний в зависимости от порядка конвертации акций и формирования уставного капитала вновь созданной организации (п.13, 43, 44 Методических рекомендаций).
Далее, начиная с даты государственной регистрации, созданная компания формирует и представляет бухгалтерскую отчетность в обычном порядке (п.49 Методических указаний).
Отметим, что этот порядок не предусматривает никаких исключений для субъектов малого предпринимательства.
В бухгалтерском учете в соответствии с п.41 Методических указаний вопросы, связанные с передачей имущества и обязательств правопреемнику при изменении в результате реорганизации в форме преобразования организационно-правовой формы собственности, подлежат урегулированию в передаточном акте.
Что касается налогообложения прибыли, то в соответствии с п. 2.1 ст. 252 НК РФ расходами вновь созданных организаций признаются расходы (а в случаях, предусмотренных НК РФ, убытки), предусмотренные статьями 255, 260 - 268, 275, 275.1, 279, 280, 283, 304, 318 - 320 НК РФ, осуществленные (понесенные) реорганизуемыми организациями в той части, которая не была учтена ими при формировании налоговой базы.
В целях налогообложения указанные расходы учитываются организациями-правопреемниками в порядке и на условиях, которые предусмотрены главой 25 НК РФ. Состав таких расходов и их оценка определяются по данным и документам налогового учета реорганизуемых организаций на дату завершения реорганизации.
При этом с учетом общих требований п. 1 ст. 252, ст. 272  НК РФ расходами правопреемника могут быть признаны только те расходы реорганизуемой организации, которые не учтены ею при формировании налоговой базы вследствие корректного применения ст. 272 НК РФ.
Если же расходы искусственно откладывались на более поздний период, в случае претензий налоговых органов это может потребовать подачи уточненной декларации  правопреемником за реорганизованную компанию.