Под НПД не подпадают доходы самозанятого, которые получены от заказчиков, которые ранее были по отношению к самозанятому работодателями и с момента прекращения трудовых отношений прошло менее двух лет. То есть ограничение распространяется только на трудовые договоры. Но договор ГПХ и трудовой договор - не одно и то же. Значит если самозанятый сотрудничает с компанией на основании договора ГПХ (как до, так и после приобретения статуса самозанятого), он вправе применять НПД.
Письмо Минфина России от 15.07.2019 N 03-11-11/52382